02.07.2006 Факел (Воронеж) - Торпедо (Москва) - 0:0
20.09.2006 Торпедо (Москва) - Факел (Воронеж) - 3:1

02.07.2006 Спартак (Нижний Новгород) - Динамо (Москва) - 1:3
20.09.2006 Динамо (Москва) - Спартак (Нижний Новгород) - 2:0

02.07.2006 Динамо (Махачкала) - Луч-Энергия (Владивосток) - 4:0
20.09.2006 Луч-Энергия (Владивосток) - Динамо (Махачкала) - 3:0

02.07.2006 Крылья Советов (Самара) - Кубань (Краснодар) - 1:1
20.09.2006 Кубань (Краснодар) - Крылья Советов (Самара) - 1:4

02.07.2006 Химки (Химки) - Ростов (Ростов-на-Дону) - 0:2
20.09.2006 Ростов (Ростов-на-Дону) - Химки (Химки) - 0:1

02.07.2006 Сатурн (Московская область) - Металлург (Красноярск) - 4:1
20.09.2006 Металлург (Красноярск) - Сатурн (Московская область) - 1:2

02.07.2006 Зенит-2 (Санкт-Петербург) - Рубин (Казань) - 0:3
09.09.2006 Рубин (Казань) - Зенит-2 (Санкт-Петербург) - 2:0

02.07.2006 Локомотив (Москва) - Анжи (Махачкала) - 4:2
20.09.2006 Анжи (Махачкала) - Локомотив (Москва) - 1:1

02.07.2006 Терек (Грозный) - Москва (Москва) - 4:1
20.09.2006 Москва (Москва) - Терек (Грозный) - 4:0

02.07.2006 Спартак (Нальчик) - Сибирь (Новосибирск) - 1:1
20.09.2006 Сибирь (Новосибирск) - Спартак (Нальчик) - 2:0

02.07.2006 Динамо (Брянск) - Шинник (Ярославль) - 2:0
20.09.2006 Шинник (Ярославль) - Динамо (Брянск) - 3:1

02.07.2006 Урал (Екатеринбург) - Спартак (Москва) - 0:1
20.09.2006 Спартак (Москва) - Урал (Екатеринбург) - 2:2

02.07.2006 Чита (Чита) - Зенит (Санкт-Петербург) - 1:2
20.09.2006 Зенит (Санкт-Петербург) - Чита (Чита) - 2:1

02.07.2006 Амкар (Пермь) - Ангушт (Назрань) - 3:0
20.09.2006 Ангушт (Назрань) - Амкар (Пермь) - 1:2

02.07.2006 ЦСКА (Москва) - Мордовия (Саранск) - 4:0
20.09.2006 Мордовия (Саранск) - ЦСКА (Москва) - 1:0

Дальше прошли:
ЦСКА (Москва)
Амкар (Пермь)
Зенит (Санкт - Петербург)
Спартак (Москва)
Динамо (Брянск)
Сибирь (Новосибирск)
Москва
Локомотив (Москва)
Рубин (Казань)
Сатурн (Московская Область)
Ростов
Крылья Советов (Самара)
Динамо (Махачкала)
Динамо (Москва)
Торпедо (Москва)
Томь (Томск)